おはよう。としあきです。
JavaScriptでテキストファイルを読み込んでサーバー側で保存するプログラムを作っていました。
改行コードの処理で悩んだので、実際どのように改行が扱われるかを説明します。
理解していないと改行コードが入り混じってよくわからなくなります。

改行コードの扱われ方
今回サーバーがWindowsなのでテキストファイルはCRLF改行とします。
ブラウザ上でTextareaを使う場合、全てLF改行として扱われます。
そして送信結果はCRLF改行になります。
図にすると以下のようになっています。

今回の要件の場合、JavaScriptでテキストファイルを読み込んだ後、LF改行に変更する必要があります。
CRLFのデータを読み込んでTextAreaに表示する際は改行コードをLFに変換します。
Javascriptでの改行コード変換(CRLF->LF)
Javascriptでは以下の正規表現で変換して渡します。
str = str.replace(/¥r¥n/g, '¥n');
サーバー側ではCRLFとして処理します。ここでは改行コードは無変換で良いです。
単純にテキストデータの読み書きするにも改行コードが変換されるので注意が必要ですね。
ではでは。